Durante sua participação no programa O Grande Debate, José Eduardo Cardoso apresentou várias contradições em suas afirmações, umas delas feitas por ele próprio, sem ser incitada pelo outro debatedor. Por exemplo, quando foi mencionado que Gilmar Mendes havia acusado a Lava-Jato de ser uma organização criminosa, Cardoso afirmou que isso não afetava a honra dos membros do Ministério Público e não poderia ser considerado crime, ao contrário do que aconteceu com Moro. No entanto, logo em seguida, ele criticou essa fala de Moro em tom de piada sobre a compra de sentença por Mendes, afirmando que era um ataque a todo o Judiciário.
Essas contradições ocorreram diversas vezes durante o debate, culminando no momento em que Cardoso foi confrontado sobre a declaração de Lula de que Moro havia armado uma operação de sequestro, mas não merecia ser cassado. Embora o vídeo da fala de Moro demonstra ser uma brincadeira, Cardoso defendeu que Moro deveria ser punido por ela, usando um argumento pouco convincente para justificar a diferença de tratamento.
No geral, as contradições apresentadas por Cardoso enfraquecem sua argumentação, especialmente quando se trata de acusações de crime. Enquanto ele defende que certas declarações não são passíveis de punição, outras são consideradas denúncia de falso crime.
O programa mostrou que Cardoso, com esforço próprio, que dá suas opiniões sobre sobre caso de acordo com quem está envolvido. É o tipo de programa que vale muito a pena ser analisado, discutido, principalmente sabendo das funções que Cardoso já assumiu, e pode assumir, na administração pública, em especial algo ligado à justiça.
